申请农产品商标注册程序是企业保护自身品牌的重要手段，而其程序也因国家、地区、商标类别和申请方式的不同而有所差异。在中国，根据《商标法》等相关法律法规，农产品商标注册的程序主要包括以下几个环节：

第一，商标检索。申请人需要在国家知识产权局官网上进行商标检索，以确定自己的商标是否已被他人注册或与他人已注册的商标近似。

第二，商标申请。申请人需要准备商标申请材料，包括商标申请书、商标样张、申请人身份证明等，并向国家知识产权局提交商标注册申请。

第三，初审公告。国家知识产权局会对商标进行初审，并在《商标公告》上公告初审结果。如果初审通过，则进入下一阶段；如果初审未通过，则需要进行修改或重新提交申请。

第四，注册证书颁发。经过一系列审核后，国家知识产权局会颁发商标注册证书，标志着申请人成功注册了该商标。

需要注意的是，在进行农产品商标注册时，申请人需要遵守相关的法律法规和注意事项，如确保商标的可注册性、可区分性和不良影响等因素，以确保商标的有效性和合法性。同时，还需要注意选择正规、专业的商标代理机构，以获得更专业的咨询和服务。

农产品商标注册程序需要经过多个环节的审核和审批，申请人需要了解相关法律法规和注意事项，选择正规、专业的商标代理机构，并密切关注官方通知和要求，以确保商标注册的顺利进行和成功注册。